ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。
科学と魔術が奪い合う一人の少女。上条当麻と出会うとき、『奇蹟』は始まる――！！
