今度の主役は、前作で敵役イズマの部下だったクロンク。ディズニー史上最高の “ノリノリ”キャラが主役の底抜けに楽しいストーリー！
果たして《アトランティス》の生命の源とは？アトランティスの運命を握るプリンセス・キーダ、彼女に隠された秘密とは？そして、探検隊の秘められた目的とは…？
クリスタルの力でアトランティスを再び陽の光があたる大陸にしようとするのだった…。