「貫く想い、翼に載せて。」
原作者・松井優征脚本全面協力による完全新作オリジナルエピソードを加えた劇場版総集編！
人類の未来のため、自らの過去のため、少年(千早群像)は。新たな旅路へ向かう。愛機・潜水艦イ401(イオナ)は過去に囚われたまま――
コンゴウとの壮絶な決戦を経て、サンディエゴに「人類の切り札」を届けた群像たちの次なる目的は？そして新たに立ちはだかる影は――――